Onnik Jamgoçyan 11 Haziran 1955 tarihinde İstanbul’da doğdu. 1964’te ailesi ile birlikte Paris’e yerleşti. Lise tahsilinden sonra Paris I - Panthéon Sorbonne Üniversitesi’nde tarih bölümünü bitirdi ve zamanın büyük hocaları olan Albert Soboul, Maurice Agulhon, Jean-Jacques Duroselle, Jacques Droz’dan dersler aldı.

1980’de Institut d’Histoire Economique et Sociale direktörü ve tarihçi Profesör Jean-Claude Perrot yönetiminde doçentlik ve D.E.A. diplomalarını aldı.

Tarih alanındaki doktora tezi konusunu Fernand Braudel ile planlayan Jamgoçyan, Braudel’in vefatı üzerine çalışmalarına Profesör Jean-Claude Perrot ile devam edip 1988’de Paris I - Panthéon Sorbonne Üniversitesi’nde “Les Finances de l’Empire ottoman et les Financiers de Constantinople, 1730-1853” isimli tezini savundu.

Tez sonrası Jamgoçyan tarihçi Daniel Panzac (CNRS) tarafından NYSSEN Arşivleri’ni Fransızcaya tercüme etmekle görevlendirildi. 1988-1997 yılları arasında Osmanlı tarihi ile ilgili pek çok kongreye katıldı ve konferanslar verdi.