25 Aralık 1955`te gazeteci İlhan Bardakçı ve Nemika Bardakçı`nın oğlu olarak İstanbul Pakize Hanım Doğum Kliniği`nde doğdu. Dedesi, Denizli, Elazığ, Çorum ve Konya valilikleri yapmış, Milli Mücadele kahramanlarından Cemal Bardakçı`dır. Taş Mektep olarak da anılan Ankara Atatürk Lisesi`nden mezun oldu. Annesi ve babası 1966 yılında ayrıldı.

1978 yılında Ankara Üniversitesi Ekonomi Bölümünden mezun oldu ancak ilgi alanı tarih olduğu için tarih konusunda uzmanlaştı. Musıkîye Selahattin Tanur`la tambur ve eser meşk ederek başlayan Murat Bardakçı, Tanur`dan icazet aldı. Ekrem Karadeniz`le teori, teori tarihi ve ses sistemi üzerine çalıştı. Fahire Fersan ve Vecdi Seyhun`dan yararlandı, ilgi alanını daha sonra musıkî tarihine yöneltti.Abdülbaki Gölpınarlı`dan şarkiyat kaynakları ve metodolojisi alanlarında büyük ölçüde faydalandı.

Bu arada Türk ve İslam müziği tarihiyle ilgili kitap, belge, fotoğraf, film ve ses kaydı gibi arşiv malzemeleri topladı ve geniş bir nota koleksiyonu oluşturdu. Türk müziği tarihiyle ilgili çok sayıda araştırması yayınlanmıştır ve yayınlanmaktadır.
Dönemin sadrazamı Talât Paşa`nın özel arşivinden faydalanarak 1915 Ermeni Olaylarını konu alan "Talât Paşa`nın Evrak-ı Metrukesi" adlı kitabı yazmıştır.

2006 yılında Kanal D`de yayınlanan ve 4 bölümden oluşan "Son Osmanlılar" belgeseliyle tanınmaya başlandı. 2008 yılında Kanal 1`de başladığı Tarihin Arka Odası programına Mart 2009`dan beri Habertürk televizyonunda Erhan Afyoncu ve Pelin Batu ile birlikte devam etti. Daha sonra Mart 2011 tarihinde Pelin Batu programdan ayrıldı.

Haberturk.com`da yazan Bardakçı, 1 Mart 2009`den beri Gazete Habertürk`te pazartesi, çarşamba ve cuma günleri köşe yazıları, pazar günleri ise tam sayfa olmak üzere haftada dört kez yazmaktadır. Ayrıca 30 Mayıs 2010 tarihi itibariyle Habertürk Tarih dergisini hazırlamaktadır.

2009 yılında 5 yıldır birlikte olduğu Ayşegül Manav`la evlenmiştir.